Por su emplazamiento fuera de la Almedina, pudo ser una primitiva mezquita cristianizada. Su existencia como Parroquia de S. Bartolomé se documenta a partir de 1448 aunque la parte gótica se hizo posteriormente, a fines del S. XV y principios del S. XVI. Es de fábrica sencilla aunque posee tres naves sin crucero y separados por arcos ojivales con artesonado mudéjar. En el presbiterio se encuentra el retablo mayor de obra moderna.
En la nave de la Epístola se encuentra la Capilla del Sagrario, cerrada por una reja de la primera mitad del S.XVI con remate adornado con escudo nobiliario. Tiene dos púlpitos, ambos de fines del S. XVII, pero el más importante es el del lado del Evangelio, que destaca por la riqueza de talla de su tornavoz.
Respecto a la puerta principal, cabe destacar el escudo del Obispo de Córdoba que aparece tallado en sus hojas de madera del cancel y sus aldabones de bronce del S. XVIII.
La primera descripción conservada de este templo corresponde a una visita general realizada por el canónigo Diego López de Fromesta en el año 1594, la cuál se conserva en el archivo diocesano.
Durante toda la historia esta parroquia ha sido sometida a numerosas intervenciones debido sobre todo a las malas condiciones del terreno donde se alza ya que está construida sobre terrenos arcillos y zona donde proliferan las aguas subterráneas.
En el siglo XIX la parroquia de San Bartolomé se consolidó como la más importante de la Baena, llegando a contar con numeroso clero convirtiéndose en la iglesia arciprestal de la campiña, ya que en ella residía el Vicario.
Durante el periodo de la Guerra civil la parroquia de San Bartolomé sufrió un duro golpe con el incendio provocado el 23 de Julio de 1936 donde desaparecieron como pasto de las llamas gran parte de su patrimonio artístico, como fue la imagén de Nuestra Señora de las Angustias que se veneraba en esta parroquia procedente de la desaparecida Iglesia de San Pedro.
En 1959 tras volver a reconstruir el templo, el párroco y Arcipreste D. Jesús Rodrigo García volvió a abrir el templo al culto. En el año 2002 al desprenderse parte del tejado de la cúpula central, fue cerrada al culto para realizar un proceso de restauración de la misma, el cuál terminó el 1 de Mayo de 2009 con la reapertura al culto y consagración del altar por parte del Obispo D. Juan José Asenjo Pelegrina siendo párroco de la iglesia D. Manuel Cuenca López.
En esta última intervención se ha recuperado el aspecto primitivo de la iglesia, poniendo al descubierto el artesonado de madera que estaba debajo de la bóvedas de yesería que cubrían tanto el artesonado como los arcos góticos, dotando a la iglesia de una imagen que hasta ahora era desconocida.
