Situado en la parte más occidental de la villa de Baena, levantado sobre el margen derecho del rio Marbella, que riega su huerta, tanto su iglesia como el edificio, que sirvió de alojamiento a los frailes se conserva hoy en pie y en estado satisfactorio.
En 1550 llegaron a Baena los primeros religiosos observantes de la Orden de San Francisco y se instalaron en unas casas existentes contiguas a una pequeña iglesia dependiente de la parroquia de San Pedro, en el mismo sitio donde después se levantó el convento. Siendo su protectora Doña María de Mendoza y Sarmiento, esposa del primer Duque Sessa de Baena, la cual aportó el dinero para la construcción de la iglesia, claustro y convento.
Terminada la parte principal de las obras y abierta al culto la nueva iglesia, esta se fue enriqueciendo con reliquias entre las que cabe destacar un Lignum Crucis y otras de San Blas, San Cristobal, San Sebastián y Santa Bárbara.
En 1576 se colocó en una capilla un Eccehomo de gran mérito, de medio cuerpo encerrado en una urna de ébano con bisagras de acero, que pronto fue objeto de especial devoción de todos los fieles.
Tenía este convento en el claustro bajo una colección de 24 cuadros, representando escenas de la vida de san francisco.
Pasada la capilla de San Diego, hay otro altar con un cuadro de santo domingo y después otra capilla con una imagen de la Purísima de gusto y talla modernos.
En pos de la puerta lateral de entrada, otra capilla con un amplio camarín, contiene las imágenes de Jesús nazareno, Virgen de los Dolores, Magdalena, San juan y la Verónica, imágenes que procesionan el viernes santo por la mañana.
En la capilla colateral al Altar Mayor por el lado de la epístola se conservan varias imágenes que son las que la cofradía del Miércoles Santo procesiona por la tarde y entre ellas es de distinguir una de Jesús en el paso de la flagelación. En el crucero figura otro altar, con retablo, que tiene encima un buen fresco de sabor pagano por el desnudo de sus figuras y más arriba, aparece la Adoración de los Reyes. En la pared de la derecha al lado del púlpito otra pintura en lienzo con la Caída de Jesús y en la parte superior un fresco que representa la Virgen con el Niño y coro de ángeles adorándole. En el muro del lado de la epístola se encuentra el altar de San José con una escultura del santo de buen tamaño y talla obra de D. José de los Ríos.
Siguió la comunidad de dominicos establecida hasta su expulsión por la invasión francesa en 1810 y la Constitución en 1820, tras estos hechos los frailes volvieron a poseer sus bienes y su convento hasta la Expulsión General en 1835. El convento fue derribado en 1855 conservandose la iglesia.
Un grandioso retablo dorado y majestuoso obra del siglo XVII cubre todo el fondo de la capilla y en el altar destaca la virgen con el niño.
En resumen podemos destacar que En 1550 llegaron a Baena los primeros religiosos de la Orden de San Francisco, siendo su protectora Doña María de Mendoza y Sarmiento, esposa del primer Duque de Sessa de Baena, construyendo la iglesia, claustro y convento, aunque la obra actualmente existente es del S. XVII. La iglesia es de una sola nave con crucero, cubierto con bóveda de medio cañón con fajones y lunetos. Todos los muros están adornados con pinturas constituidas por decoración de rocalla, que dan al conjunto impresionante aspecto.
La puerta principal del templo es muy sencilla, data del S. XVIII. Dos pilastras toscanas flanquean la puerta adintelada. Más simple aún es la otra portada que da a una calle lateral, con frontón completo y pináculos piramidales, del S. XVII. El retablo mayor es de madera tallada y policromada de 1740. En esta iglesia se encuentra la venerable imagen del patrón de la ciudad, Nuestro Padre Jesús Nazareno.